根據《中央社》發自東京的消息指出，有關台灣漁船「全家福六號」及多艘海巡艦16日上午到釣魚台宣示主權一事，一向對台灣友好的日本團體認為，日方已做出道歉並有意賠償，為何台方還做出保釣行動，破壞台日友好關係？因此，表示17日上午將到位於東京白金台的駐日代表處抗議。

　在《日本廣播公司（NHK）》、《朝日新聞》等各大媒體報導16日上午台灣漁船「全家福六號」及多艘海巡艦進入「領海」之後，台灣駐日代表處立刻湧進許多日本民眾抗議的電話。其中包括向來對台灣友好的人士。

《中央社》引述友台的日本人士的話指出，十四日上午日本才發生芮氏規模七點二的強震，日本政府忙於救災，中國國家主席胡錦濤和國務總理溫家寶都立刻於當天表示慰問，並要共同致力於亞洲防災合作，台灣卻為了漁船糾紛而損及外交關係。

對於16日清晨的保釣行動，《日本經濟新聞》報導，台灣媒體大幅報導此事，並將保釣人士譽為「勇士」、「抗日英雄」，台灣當局原本是保持冷靜的態度，但部分立委的抗議和媒體的過度報導，也使得台灣當局的態度轉強硬。

《產經新聞》網頁版報導，16日清晨，台灣外交部長歐鴻鍊在觀察保釣行動時，為了避免衝突再起，在千鈞一髮之際，曾與日本有關當局進行非正式的折衝。

報導指出，16日清晨五點（台灣時間）左右，日本駐台代表機關交流協會的代表池田維致電歐鴻鍊，提出警語說，「如果再靠近（釣魚台）的話，日本不得不做出嚴正的應對」。

報導說，歐鴻鍊重視日本政府的這項訊息，雙方達成一致共識，都不希望問題複雜化。歐鴻鍊對於有關保釣行動的因應雖未立刻予以回答，但在十分鐘後，致電池田維說：「過不久，船隻將回航」。

針對此報導，《中央社》引述熟悉此事的日方涉台人士的話指出，事實上，歐鴻鍊在與日方交涉時，堅持台灣擁有釣魚台主權的立場，但希望台日雙方能避免發生衝突。

該人士告訴《中央社》，日本海上保安廳15日做出表示「遺憾」之意，就是一種道歉。

另外，有日本人士舉例說明，今年二月駐琉球的美軍對日本國中女生施暴事件，美國國務卿萊斯在日本舉行記者會時就說，「對此事件感到很遺憾」。

另一例是，二○○四年，中國核子動力潛艇入侵日本領海之後，當時中國的副外長武大偉對日本駐北京大使阿南惟茂說，「對於事件的發生，感到遺憾」，之後，當時的日本首相小泉純一郎在首相官邸跟記者說：「中方已陳謝（道歉）了。」

    

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